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1、水产用消毒剂的作用方向是防止水体中的病原菌的生成和泛滥，清除水体中已经产生的病原菌、切断传染源，清理养殖对象体表已经感染的病原菌，以及养殖场所和器具的消毒等，所以当养殖对象已经发生严重的病变（或发生病变时间较长）时，单凭外用消毒剂是很难达到治愈病症的目的的。
2、养殖水体是复杂多变的，透明度、水温、养殖品种及密度、理化指标、病原菌的类别及感染程度等条件因素千差万别，因此什么情况下应该选用什么种类的消毒剂也是值得注意的。
3、水产用消毒剂的作用效果主要体现在其受水体环境影响、干扰的程度上，这也是常规消毒剂足量（加量）使用效果仍不理想的主要原因。
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