一场大雨后，会造成多种致病微生物对生活环境、饮水、食物的广泛污染，引起各种肠道传染病和其它传染病的爆发流行。因此，消毒工作显得特别重要尤其是洪水退后及时采取合理消毒是一项极为紧迫的工作。由于洪涝导致多种微生物混合污染，其中，又以肠道致病微生物为主，因此，要特别重视居民、各企事业单位餐具、食物、饮水、居住环境和手的消毒及污物处理。
常用消毒方法根据洪涝灾害的特点，一般灾后采用加热或化学消毒法。
加热消毒：既经济又方便，消毒效果好①干热消毒法：烧灼可用于金属等耐热物品消毒，焚烧用于废弃物消毒。
②湿热消毒法：加热65℃，30min，可杀灭细菌繁殖体，常用于牛奶消毒。煮沸℃，10min，可杀灭细菌繁殖体和病毒，常用于餐饮具、奶瓶消毒。流动蒸汽℃，10min，常用于餐饮具、食品消毒。
化学消毒：①漂白粉（又称含氯石灰）：主要成份为次氯酸钙，白色粉末，能溶于水，但有大量沉渣，含有效氯25%—32%（一般按25%计）。不稳定，易吸湿，遇光或热易分解，对物品有漂白作用对金属有腐蚀作用。
②漂粉精：主要成份为次氯酸钙，白色粉末，溶于水混浊并有少量沉淀，易吸水潮解，含有效氯80%—85%（一般按80%计）。
③二氯异氰尿酸钠（又称优氯净）：白色晶粉，易溶于水呈弱酸性，溶于水中产生次氯酸，水溶液稳定性较差，含有效氯60%—65%（一般按60%计）。
④三氯异氰尿酸：白色粉末，水中溶解度为1.2%，有效氯含量90%。
常见市售的含氯消毒剂有固体、液体，漂白精和优氯净已制成各种片剂，如：泡腾片（溶解性好，崩解时间小于5min），便于灾区计量使用。此外还有二氧化氯、碘伏等。
⑤空消消毒片：最新一代高效消毒片，即可便捷杀灭所有细菌和牙孢，又安全无二次污染。
洪涝灾区各种消毒对象的处理方法：①一般用具：可用含有效氯mg/L—0mg/L消毒液、含0.2%—0.5%过氧乙酸溶液喷洒或擦洗，作用15min—30min后清水擦拭。
②餐饮具：首选蒸煮15min，在无燃料条件时也可用含氯消毒剂，含有效氯mg/L—mg/L的消毒液，浸泡作用15min，然后用洁净水冲洗。
③墙壁、地面：用含有效氯为0mg/L—mg/L消毒液喷雾或喷洒，作用1小时。用量：土质地面以湿润，墙壁不流淌为宜。
④厕所、化粪池、临时厕所必须进行消毒。
⑤传染病人排泄物和粪便：稀薄的排泄物或呕吐物，每0ml可加漂白粉50g或含有效氯00mg/L—0mg/L溶液ml，搅匀放置2h。无粪的尿液每0ml加入干漂白粉5g或次氯酸钙1.5g或含有效氯00mg/L消毒剂溶液ml混匀放置2h。成形粪便不能用干漂白粉消毒，可用20%漂白粉乳剂（含有效氯5%），含有效氯00mg/L消毒剂溶液2份加于1份粪便中，混匀后，作用2h。
⑥污水：加氯量为10mg/L，作用30min后，余氯应保持3.5mg/L。
⑦被污染衣服被褥：80℃热水15min，白色织物可用含有效氯mg/L—mg/L的消毒液浸泡15min—30min，然后用清水漂洗。
⑧被污染家具：含有效氯mg/L—mg/L的消毒液擦拭，作用15min—30min，或75%酒精擦拭，作用30min。
⑨畜舍：含有效氯0mg/L—mg/L的消毒剂喷雾ml/m2或喷洒药量ml/m2—ml/m2，作用2小时，如疑有炭疽菌污染则可用0.5%过氧乙酸或含有效氯0mg/L的消毒剂作用4小时。
⑩手的一般卫生消毒：有效碘0.5%的消毒液、75%酒精擦拭作用1min—3min。
?污染的手巾、毛巾、脸盆、门把手：分别使用煮沸15min，或含有效氯mg/L—mg/L的消毒剂作用15min—30min，或0.2%—0.5%过氧乙酸擦拭作用10min。
?瓜果、蔬菜：含有效氯mg/L—mg/L消毒剂作用15min—30min。或用其它可用于瓜果、蔬菜类消毒的产品按说明书要求使用。
杀虫洪水袭击期间，受灾居民被迫离开原住所搬至高处生活，由于人畜粪便、垃圾得不到及时清运与处理，大面积的积水不能及时消退，蚊蝇密度会大幅度上升。为防止虫媒传染病及肠道传染病的发生与流行，必须采取有效措施将蚊蝇密度控制在国家规定范围内。
防蝇灭蝇①防蝇
要及时清理住处垃圾，对各种腐烂变质物、废弃物等垃圾集中进行无害化处理，临时粪坑要加盖投药。对禽畜尸体要深埋。吃剩的食物要加罩保存，防止苍蝇接触。
②灭蝇蛆
室内可用高效氯氰菊酯按25mg/m2的剂量对墙面进行滞留喷洒，也可用气雾剂灭成蝇，另外，亦可采用毒饵灭蝇，或用粘蝇纸粘蝇。
室外除用诱蝇笼等捕蝇器械（下置鱼杂等诱饵）诱捕成蝇外，蝇蛆孳生场所（如厕所、垃圾堆等）可用市售灭蝇蛆缓释剂或使用0.2%马拉硫磷、0.1%杀螟硫磷喷洒至湿润，外环境滞留喷洒灭蝇药物还可以选用环卫乐等按说明书要求使用，控制蝇类孳生地。
灭鼠①防制方法
物理防制法：对在临时聚居地及周围进行堵洞，堵洞时可以配合磷化铝片，在堵洞时可以由专业人员使用，每洞一片，然后将洞堵死，并防被鼠重新盗开。贮存粮食及食物的地方最好建防鼠台，也可以用鼠夹（笼）进行捕杀。或使用九品驱鼠剂，对老鼠进行驱赶。
化学灭鼠法：在人群聚居地禁止使用急性鼠药和国家明令禁止使用的鼠药（如：甘氟、氟乙酰胺、毒鼠强、氟乙酸钠、毒鼠硅），可以使用慢性杀鼠剂，如：抗凝血类药物、生化灭鼠剂，部分杀鼠剂的使用浓度和溶剂见下表，产品化灭鼠剂按说明书要求使用。
②灭鼠后所需要做的工作
鼠尸的处理：统一处理、焚烧深埋均可，但以焚烧为好。深埋处理时应当在填埋时，适当喷洒消毒剂对其进行处理。
鼠体寄生虫的杀灭：在投放鼠药后的4—5天，应及时搜寻死鼠。居住周围的环境加强杀虫，同时管好猫、狗及牲畜，以防间接传播寄生虫和媒介疾病给临时居住人群。
③杀鼠剂中毒后的解毒剂
一旦发生误食等杀鼠剂中毒情况应立即进行相关救治处理，其中抗凝血类杀鼠剂解毒用维生素K1治疗，溴杀灵可用苯巴比妥治疗，含氟类杀鼠剂用解氟灵（乙酰胺）治疗。
防蚊灭蚊防蚊采取环境治理措施，填平水坑，彻底清除积水，缸、盆、罐等容器要翻转倒扣，必须盛水的容器要加盖密闭。居住所附近杂草清除干净，室内外杂物摆放整齐。
不要在蚊虫密度高的地方设立临时居住点，住处要安装纱门纱窗（有条件的可在纱门纱窗上涂刷市售窗纱涂剂），睡觉时使用蚊帐。室外活动时，要穿长衣裤，暴露在外皮肤可均匀涂抹驱避剂防蚊。
灭蚊杀灭幼虫、成蚊：使用神网杀虫剂，可以杀灭幼虫、成蚊。
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