氯氨在水中非常稳定，而溴氨快速分解。溴氨的杀菌活性比氯氨杀菌活性更高。可知在含氨水体和大多数高pH条件下的水系统中，溴的性能超过氯，溴比氯的杀菌速度快，因此，含溴消毒剂具有更高的消毒作用。在含相同氯和溴的稀释水中，对鱼的活性进行试验表明，经放养96小时后，在含氯的水中鱼全部死亡，而在含溴的水中鱼生长良好。与氯化反应相似，水体中的有机化合物在溴化反应中发生溴化，实验表明氯化有机物对动物和鱼具有毒性，并发生生物积累。用溴处理时，水亦产生溴化有机物。但是，因其含量相对较少，很难鉴别出来。
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