隐性中毒，即是指低剂量霉菌毒素逐渐积蓄时对动物机体的慢性毒性作用。与急性中毒有明显的临床症状相比，隐性中毒人们最容易忽略或难以察觉，因此霉菌和霉菌毒素带来的隐性中毒所造成的损失远比急性要大得多。
1霉菌破坏饲料及原料质量，降低营养浓度
霉菌属于一种腐生微生物，靠分解、消耗饲料养分生长繁殖，还释放热量，使料温升高，导致饲料中蛋白质变质、利用率降低、氨基酸含量下降，还会使脂肪、维生素发生变化。最终导致饲料及原料的营养浓度大打折扣。
2饲养管理不良情况下的低标准量中毒
高温、通风不良、拥挤、粪便清理不及时、疾病等都会导致畜禽对霉菌毒素的抵抗力下降。管理不良导致的应激，也会使低于危害标准的毒素引发动物机体中毒。
3对畜禽消化道黏膜的破坏
霉菌毒素隐性中毒时，会逐渐破坏了肠道上皮细胞的完整性时，导致免疫球蛋白的分泌会降低，肠道免疫系统的被破坏会导致家禽对传染病的易感性增加。
4对肝脏造成损伤，破坏肝的功能
霉菌毒素隐性中毒会破坏肝的功能，逐步造成肝的损伤。肝脏有储备糖元的功能，糖元减少，发生低血糖症，往往饮用葡萄糖无效；还会干扰肝脏卵黄前体的合成，进而造成产蛋率下降。
5对肾脏的损伤
霉菌毒素隐性中毒可致软骨组织发育不良，逐渐引发畜禽腿病发生。
6对免疫器官的损伤
除对肠道免疫系统的破坏外，霉菌毒素积累而发挥慢性毒性作用时能逐步造成鸡胸腺和法氏囊萎缩、T淋巴细胞和白细胞减少、白蛋白和球蛋白含量降低，抗体效价下降，血清抗体浓度降低，引起免疫抑制而使各种病毒病多发。
为了防止霉菌毒素隐性中毒，需做好饲养管理，控制好饲料及原料的质量。霉菌毒素是没有安全量的，有存在就有破坏，因此需要适当添加有效的霉菌毒素脱毒剂，减少霉菌毒素中毒造成的损失。
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