洪灾过后一些地区卫生条件差，特别是饮用水的卫生难以得到保障，需要预防肠道传染病，如霍乱、伤寒、痢疾、甲型肝炎等。人畜共患疾病和虫媒传染病也是洪涝期间极易发生的，如钩端螺旋体病、流行性出血热、血吸虫病、疟疾、流行性乙型脑炎等
同时，皮肤病不容忽视，如浸渍性皮炎（“烂脚丫”、“烂裤裆”）、虫咬性皮炎、尾蚴性皮炎等。意外伤害，如溺水、触电、中暑、外伤、毒虫咬螫伤、毒蛇咬伤、食物中毒、农药中毒等。
暴雨洪灾后室外、室内、被洪水泡过的汽车等有不同的防疫重点，但本质都是消毒消毒再消毒。
室外防疫要点：
1、做好粪便管理：及时修复被洪水淹没的公厕、垃圾收集点的设施，并进行消毒处理。
2、对水灾致死的家畜、家禽等动物尸体要及时清理和掩埋或焚烧。掩埋地要远离居住地和距水源50米外，挖坑深≥2米。
3、垃圾消毒：可燃物质尽量焚烧，也可喷洒mg/L有效氯含氯消毒剂溶液，作用60分钟以上。消毒后深埋。
室内防疫要点：
1、水灾后的房屋一定要彻底进行杀菌消毒。市民可用消毒液、消毒粉清洗地板和家居用品，尤其是被洪水浸泡过的物品，灭杀细菌。
2、注意衣物用消毒液做一次彻底的消毒，然后放在烈日下曝晒从而达到二次消毒。
3、加强室内除湿，有条件的可以使用除湿机，也可以利用空调器的除湿功能进行除湿。
汽车防疫要点：
对于进水的车辆，不仅要清洗车厢，还要消毒。坐椅、座套等最好用漂白粉冲洗，吸水棉必须更换，以免细菌繁衍，也可以做一些臭氧杀菌。空调的蒸发箱也应该拆开漂洗、消毒、烘干。鼓风机也得仔细清洗，否则以后会出现许多的问题
可用化学消毒剂气溶胶喷雾消毒或擦拭。使用75%酒精或使用2%过氧乙酸，按每立方米8毫升的量，进行气溶胶喷雾消毒1小时。过氧化氢复方空气消毒剂以每立方米50毫升的量，采用喷雾法30分钟。但要注意，对车厢内空气消毒是在车内无人的情况下，用紫外线照射或用换血消毒剂气溶胶喷雾消毒，消毒完成后，开窗通风5到6分钟。
农村地区特别注意农药污染与“破伤风”
由于灾区环境的变化和临时居住的条件所限，农药、亚硝酸盐及其他工业用化学物质易被误食。误食化学有毒物发病快，一般潜伏期在数分钟～1小时内，死亡率较高，因此要及时对症治疗，包括停止食用毒物，及时进行催吐、洗胃、灌肠，使用特效解毒药等，医院抢救。
如果出现划伤，建议尽快接种破伤风疫苗，以防万一。为了防止此类疾病的发生，首先要使用干净水充分清洗伤口，消除伤口上可能附着的污物；同时应该保证伤口干燥，不要再次沾水；其次应该使用碘酒或其他消毒用品对伤口进行消毒。如果是大型的、需要缝合的伤口则应该及时前往医疗机构进行专业的处理。
灾害后水源与饮食安全
水源：灾后饮用水须消毒不可用污染水源漱口
洪涝灾害期间，水源容易受到细菌、病毒、寄生虫卵、幼虫的污染，喝这样的水，用这样的水洗食品、餐具或刷牙、漱口，便容易引起疾病的传播。因此注意饮水的消毒是非常重要的。饮用水消毒一般常用方法有两种，即煮沸消毒和药物消毒。
食物：被淹死肉类体内含细菌切忌食用被浸泡食物
首先不要食用受污染的食品，如被水淹过或受其他原因污染的面粉、挂面、饼干、面包等；不要吃未洗净的瓜果；不吃过期糕点；不要吃凉拌菜，不要吃卤菜；不吃馊饭菜，即使经过重新蒸煮也不要吃；尽量不吃凉菜；不吃霉米面；不要吃发芽的土豆，腐烂的瓜果。
加强餐具的消毒，把洗净的食具放在沸水中，煮沸5分钟。也可按1千克冷水加1片或1匙漂白粉精的比例配制消毒水，食具在消毒水中浸泡3分钟即可使用。
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