对含氯消毒剂来说当水体中有机物过多时，其消毒效果明显下降，且含氯消毒剂对水产动物的刺激性也较大，而且会与水中其他物质反应生成有机氯、氯酚、氯胺等对养殖动物构成很大的毒副作用，甚至会致死，也会污染环境，有致癌性。现在广泛使用的碘类消毒剂主要包括双链季胺盐络合碘和聚维酮碘，其杀菌灭毒机理是使用时逐渐分解出游离碘，与微生物蛋白质间进行卤化反应，使其死亡。其中，双链季铵盐络合碘是较理想的含氯消毒剂替代产品。这是由于双链季铵盐络合碘发挥双链季铵盐和碘的协同作用，杀灭病毒和细菌的范围更广，而且消毒力不受水质硬度和酸碱度的影响。同时，碘类消毒剂对水产动物的刺激性小，安全性较高，但是碘易挥发，稳定性较差。
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