高水平消毒能杀灭一切细菌繁殖体包括分枝杆菌、病毒、真菌及其孢子和绝大多数细菌芽孢。达到高水平消毒常用的方法采用含氯制剂等化学消毒剂在规定的条件下，以合适的浓度和有效的作用时间进行消毒的方法。
在《医疗机构环境表面清洁与消毒管理规范》环境表面常用消毒方法——含氯消毒剂
在《医疗机构消毒技术规范》中，针对不同的情况，推荐的含氯消毒剂有效氯浓度有~mg/L、mg/L、~mg/L、0mg/L等。
被感染朊病毒患者或疑似感染朊病毒患者高度危险组织污染的低度危险物品、一般物体表面和环境表面应用清洁剂清洗，采用0mg/L的含氯消毒剂消毒，至少作用15min。
被气性坏疽病原体污染的诊疗器械，应先消毒，后清洗，再灭菌。消毒可采用含氯消毒剂mg/L~mg/L浸泡消毒30min~45min，有明显污染物是采用含氯mg/L~0mg/L浸泡消毒≥60min。然后按规定清洗，灭菌。
含氯消毒剂常用的方法有：浸泡法、擦拭法、喷洒法、干粉消毒法。
浸泡法
将待消毒的物品浸没于装有含氯消毒剂溶液的容器中，加盖。对细菌繁殖体污染物品的消毒，用含有效氯mg/L的消毒液浸泡＞10min，对经血传播病原体、分枝杆菌、细菌芽孢污染物品的消毒，用含有效氯mg/L~mg/L消毒液，浸泡＞30min。
擦拭法
大件物品或其他不能用浸泡消毒的物品用擦拭消毒，消毒所用的浓度和作用时间同浸泡法。
喷洒法
对一般污染的物品表面，用含有效氯mg/L~mg/L的消毒液均匀喷洒，作用10min~30min；对经血传播病原体、结核杆菌等污染表面的消毒，用含有效氯mg/L的消毒液均匀喷洒，作用＞60min。喷洒后有强烈的刺激性气味，人员应离开现场。
干粉消毒法
对分泌物、排泄物的消毒，用含氯消毒剂干粉加入分泌物、排泄物中，使有效氯含量达到0mg/L，搅拌后作用＞2h；对医院污水的消毒，用干粉按有效氯50mg/L用量加入污水中，并搅拌均匀，作用2h后排放。
含氯消毒剂浓度监测
含氯消毒剂在临床使用中常见的问题有：
储存过程中不能保证原液浓度在产品标示范围内，如放置在光照强烈的窗台上，光照作用易导致含氯消毒剂分解。
打开后不经常使用，致开启很长时间仍未用完。
配制时不能按照要求配制，如配制人员不用计量容器，而是随意取用。
使用过程中不能保证在要求的浓度范围内，如待消毒物品清洗后仍有较多水分时放入消毒液中，导致消毒液浓度稀释。
或未做到24小时更换。
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