在近现代食品生产企业中，清洗和消毒一直是十分重要的工作内容，随着诸如李斯特菌、大肠杆菌O、沙门氏菌等致病菌污染导致食物中毒事件的不断涌现，食品企业采用了各种清洗消毒剂、建立标准的清洗消毒方法，致力于消灭消除这些看不见的微生物及食物的残渣。但最终清洗消毒控制效果如何，建立科学、有效的验证方法，在近十年也越来越引起食品企业的高度重视。今天，食品从食品厂污染源、取样方法、地点、频率、检验和结果分析等方面，一起探讨有关清洗消毒效果确认问题。
寻找污染源食品企业污染源的确认，直接关系到该企业卫生控制策略的有效性。通常我们把与食品直接或间接接触的表面、水、空气和人员作为食品污染源进行考虑，将这些污染源对食品造成的危害程度做成一个类似下图的带状监测图。
Zone1：
代表最关键区域的清洗消毒，主要指直接食品接触面，包括（不限于）所有生产设备（输送带、搅拌器、刀片等），器具（勺子、搅拌器、工具）和容器（桶、箱子、包材）。
无菌包装中的填充作业，由于易造成堵塞污染，需要大量清洗和有效的消毒，这被认为是关键区域中的核心区域。
Zone2：
代表非食品接触面的清洗消毒区域，如部分设备、设施（排水沟、地板、管道）、物品和可能接触Zone1的人员。
车间排水沟被认为是李斯特菌存在的污染源，低温、潮湿的环境适合这种致病菌的生存。但实际上污染源确认取决生产加工的方式。
例如：马铃薯沙拉加工车间，清洗后水排到地面，那么排水沟就应作为重点消毒监控区域；如果是干香菇包装车间，那么主要以吸尘清洗方式，排水沟就不是李斯特菌存在的污染源。
Zone3：
代表加热设备、通风设备和空调等，尤其这些设备的过滤装置。还有一些和Zone2类似的包括地面，墙壁,和地面、墙接触的物品及加工区域的物品（这些被认为比Zone2更加远离食品）。
空调等设备的过滤器必须根据预防性维护保养规定要求进行清洗消毒或更换，防止因堵塞造成破损，最终可能导致空气的污染。
这里需要注意的是，在食品工厂，如刷子、拖把和洗衣机等清洗消毒设备也是潜在的污染源。这些物品在整个工厂都可以使用，因此好的控制策略就是规定特定区域这些器具必须固定使用。举个例子，在洁净区域使用的刷子和拖把是不能拿到该区域以外地点使用，造成可能的交叉污染。许多工厂把特定区域使用的清洗器具用颜色标示，例如红色代表最敏感区域，接着是橙色、黄色、绿色、蓝色。同样，工厂使用的运输工具如升降机、手推车，进入关键区域时，必须进行规定频率的清洗消毒防止交叉污染。
Zone4：
代表维护保养人员使用的保养设备及工具，还包括那些远离生产区域的过道、入口和卫生间。维护保养人员使用的工器具本质上是通用的，因此这些人就把工具从污染区带到洁净区的污染源载体。解决等方法可以是把他们的工具像刷子拖把那样规定使用，或者对维护保养人员进行卫生基础知识的培训，使他们理解并采取措施避免造成污染。
水和空气也是潜在的污染源。包括生产用水、清洗用水；冷凝水作为污染源必须被仔细监控，空气过滤器也应该按照规定频率清洗消毒或更换。
最后，人员也是潜在的污染源。良好的清洗消毒是十分重要的。包括手部，使用的手套、工作服、鞋子必须满足GMP要求。
取样工厂潜在污染源确认后，取样的方式、方法、地点、频率就是下一步考虑的重点。
主要有两种微生物取样方式来验证消毒效果：间接指标检测和特定致病菌检验；间接指标检测包括大肠菌群、粪大肠菌群和菌落总数，特定致病菌检验例如大肠杆菌、李斯特菌等。像沙门氏菌、金黄色葡萄球菌等致病菌常常直接检测是否存在，基本不作为验证消毒效果特定致病菌检验。使用验证特定致病菌也取决于生产类型，在新鲜原料加工工厂，大肠杆菌作为验证菌而不是大肠菌群。
常用方法在食品工厂，经常使用几种取样和分析技术及设备对表面、空气和水监测，作为是验证清洗消毒有效性的方法；典型的取样面积是10cmx10cm即cm2。
表面：
最普通的表面取样方法包括棉签涂抹、海绵擦拭、压条或纸片、浸渍片和CIP冲洗液。
对于明确且检测面积较小的表面，棉签涂抹是最常见有效的方法，而海绵或纸巾擦拭则主要针对面积大且不确定的表面；压条或纸片可以使用在如不锈钢或塑料等表面；CIP冲洗液收集，就是针对CIP清洗系统的监测，在清洗消毒结束后，最后的冲洗液收集和作为操作有效性的验证目标。
水：水的抽样是食品工厂日常的检验常规的工作内容，大肠菌群是否检出代表了水样清洗度的。
空气：空气沉降落菌检验。
快速验证方法（ATP（荧光检测）和蛋白质检测）：
是非常快速的扫描测试方法，用它来确认表面洁净度通常只要2分钟内出结果。蛋白质检测则是利用表面未清洗干净而残留蛋白质与测试条反应，以一种颜色反应出来，时间在5分钟之内。
需要注意的是，ATP（荧光检测）和蛋白质检测是用来检测肉眼看不见的污垢和残渣的非微生物测试。生产过程不含细胞或蛋白质的工厂清洗消毒效果不能使用ATP（荧光检测）和蛋白质检测来验证，例如制糖厂，就不能给出ATP或蛋白质指示。
样品转移及处理在验证清洗消毒是否充分的检测中，常常忽略一个重要的问题：液体样品的转移。例如，抽样中使用的无菌水如果含有微量的消毒剂（有效余氯），则浸在无菌水中的样品中的细菌就可能被慢慢的杀死，这样得出的检验结果就不准确了。使用能够保持样品中细菌状态的溶液是十分重要的。
样品转移过程中常用一些培养基肉汤来中和可能存在的消毒剂，如DE中和肉汤、卵磷脂肉汤和普通的中和溶液。使用的中和方法取决于消毒剂使用的类型。
这里需注意的是，现实清洗消毒验证取样时中还可能产生一些误区，比如CIP清洗消毒结束时，最后的冲洗水即使还残留消毒剂，仍然含有数量可观的细菌，样品收集、送到实验室过程中，样品中残留的消毒剂却会一直杀死细菌，导致验证结果不准确。
记录和分析结果企业的SSOP（卫生清洗计划）应该规定验证检测记录的形式，包括取样的地点、时间、取样人。SSOP还应该规定不良结果的报告，以及跟进的纠正措施及记录。对于质量控制体系，二级审核是必要的。企业应该遵循监管机构的要求，对这些记录进行归档。
对于检查结果的解释会受到使用标准的影响。当然表面是不应该检出致病菌的。现场涂抹，使用微生物检验得出的结果，与ATP检测出的数据是不同的，它们之间没有必然的联系。
检查结果的说明包括提问恰当的问题，特别是在致病菌被检出或结果超标时。问题包括：取样方法是否正确？处理方法是否正确？如果回答“是”，可能就要加大抽样查找根源，跟进改进措施。随着数据的完善，可以逐渐形成分析趋势图。这种图表可以促使企业实现可持续发展和改进。
消毒剂的改进消毒剂的发展趋势是更加环保。常用的消毒剂（例如次氯酸钠），不是环保产品，许多食品工厂一直在寻找替代产品和技术（例如臭氧消毒、生物膜过滤技术等）。还值得注意的是，长期使用一种消毒剂，会使细菌产生耐药性，因此综合使用消毒剂是我们必须考虑的一个问题。
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